В замкнутых глубоких водоемах слои воды распределяются по вертикали в зависимости от степени их плотности. Чем холоднее слой воды, тем выше его плотность и тем глубже он располагается . Такое явление ученые называют стратификацией. При этом следует учитывать, что поверхностные слои в ветреную погоду активно перемешиваются. Чего нельзя сказать о толще воды.
Среди лета, когда устанавливается жара, нагретая за день вода как самая легкая располагается у поверхности. Остывая в ночные часы, она опускается, перемешиваясь с нижележащей холодной водой. Таким образом, в водоеме возникают два слоя воды, имеющих различную температуру. На границе между этими слоями температура воды резко падает. Именно эту пограничную зону и называют термоклином. В глубоководных озерах термоклин по вертикали может достигать 3—4 м и более. Для рыбы и других подводных обитателей это дискомфортная зона, и рыболову надо этот фактор принимать во внимание.
Что касается проточных водоемов, то в них термоклина не может быть по определению, поскольку слои воды по всей вертикали перемешиваются благодаря течению и ветру. Исключение: глубокие речные заливы и участки проточных озер и водохранилищ, где течение отсутствует.